Účetní jednotky, které vedou podvojné účetnictví, vedou tyto účetní knihy:
- deník (deníky) – v nich jsou uvedené zápisy uspořádány z časového hlediska (chronologicky),
- hlavní kniha – v ní jsou účetní zápisy uspořádány z hlediska věcného (systematicky),
- Knihy analytických účtů – v nich jsou podrobně rozváděny účetní zápisy hlavní knihy,
- knihy podrozvahových účtů, v nich se uvádějí účetní zápisy, které se neprovádějí v hlavní knize nebo knize analytických účtů.
Účetní knihy jsou defaultně nastavené v účetních programech. V praxi se vede mnoho deníků například deník přijatých faktur, deník vydaných faktur, deník pokladních faktur, deník bankovního účtu. V deníku se zaznamenávají účetní případy v pořadí, v jakém postupně vznikají. Ve své vnitřní směrnici si může jednotka stanovit, které deníky povede. Jejich počet není omezen žádným předpisem. Každý ceník by měl mít své jasné označení, aby nemohlo docházet k záměnám deníků, a vlastní číselnou řadu. Ve vnitřní směrnici by mělo být u jednotlivých deníků jejich označení a uvedení čísla prvního a posledního účetního dokladu za příslušné účetní období, aby bylo možné prokázat, že účetnictví je úplné.
Deník by měl obsahovat minimálně číslo účetního případu, datum vystavení účetního dokladu, popis účetního případu, účtovací předpis (MD, D), částku.
Hlavní kniha představuje soustavu syntetických účtů, které účetní jednotka používá. Účetní zápisy v hlavní knize jsou vždy zachyceny podvojně a souvztažně.
